研究生: |
范振泰 Chen-Tai Fan |
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論文名稱: |
演化樹評估模式的建立及其應用 |
指導教授: |
唐傳義
Chuan-Yi Tang |
口試委員: | |
學位類別: |
碩士 Master |
系所名稱: |
電機資訊學院 - 資訊工程學系 Computer Science |
論文出版年: | 2000 |
畢業學年度: | 88 |
語文別: | 中文 |
論文頁數: | 21 |
中文關鍵詞: | 演化樹 、演化樹評量 、距離矩陣評量 |
外文關鍵詞: | evolutionary tree, phylogenetic tree, tree measurement, distance matrix measurement |
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演化樹的建立是生物學的一個重要問題,然而這卻是計算機的一個NP-hard難題。
既然,在有效時間內難以求得最佳解,生物學家只能使用猜測解或近似解。當然,這些猜測解或近似解,很難說那一個才是好;甚至計算機所求的最佳解,也不一定代表生物學的正確解。有鑑於此,我們希望能找到方法,幫生物學家評定各個解的好壞。
在這項研究□,我們建立了演化樹及距離矩陣的評量標準。讓生物學家在建立演化樹之前,就能知道那些資料不能建出好的演化樹;而在建立演化樹之後,也能知道那些部份不合理。同時,也幫生物學家挑出較好較合理的解答。
[1] Bang-Ye Wu, Kun-Mao Chao, Chung-Yi Tang, Approximation and exact algorithms for constructing minimum ultrametric trees from distance matrices, Journal of combinatorial optimization, vol. 3, pp. 199-211, 1999.
[2] Horn-Nian Tarn, Chung-Yi Tang, Recognize a noisy-ultrametric matrix, Department of computer science, national Tsing-Hua university, 1997, unpublished.
[3] Sampath K. Kannan, Eugene L. Lawler, Tandy J. Warnow, Determining evolutionary tree using experiments, Journal of algorithms, vol. 21, pp. 26-50, 1996.
[4] A. V. Aho, Y. Sagiv, T. G. Szymanski, Inferring a tree from lowest common ancestors with an application to the optimization of relational expressions, SIAM journal on computing, vol. 10, pp. 405-421, 1981.