專利侵權事件中，專利權人得依專利法第84條之規定，行使禁止請求權或損害賠償請求權，同法第85條並定有損害賠償之計算方式，惟因上開條文規定過於精簡，而滋生諸多爭議。本文從民法請求權基礎之思考體系出發，在契約關係存在時，探討違約金與不真正違約金在專利侵權事件中之要件與效果；至於契約關係不存在時，本文則先以民法侵權行為之規定，檢視專利法規定之不足，並就構成要件、法律效果以及舉證責任之分配為說明。此外，本文並肯認專利權人得主張不當得利與不法管理之法律關係，惟僅立於補充之地位。
在損害賠償數額之計算方面，本文以法院實務見解為中心，針對專利法第85條第1項各款之實務運作為說明，發現各法院對於賠償數額之計算尚未建立統一且合理的判斷標準，得參考美國法院所建立之計算標準，使損害賠償之計算更為精確並具可預測性；至於第85條第1項之規定亦存有諸多疑義，立法論上有參考日本特許法規定之必要。最後在合理權利金之部分，專利權人固然得依不當得利之法律關係，請求合理權利金作為賠償下限額，惟為期明確，仍宜於專利法中明定合理權利金之計算方式，並擬制其為賠償數額之下限，以杜爭議。

一、中文文獻資料（依作者姓氏筆畫排列）
(一) 中文書籍—民法
1. 王澤鑑，民法總則，台北市：王慕華發行，增訂版四刷，90年2月。
2. 王澤鑑，債法原理第一冊—基本理論•債之發生，台北市：王慕華發行，增訂版六刷，91年10月。
3. 王澤鑑，債法原理第二冊—不當得利，台北市：王慕華發行，增訂版再刷，92年2月。
4. 王澤鑑，侵權行為法第一冊—基本理論•一般侵權行為，台北市：王慕華發行，初版八刷，91年9月。
5. 王澤鑑，侵權行為法第二冊—特殊侵權行為，台北市：王慕華發行，初版一刷，95年3月。
6. 史尚寬，債法總論，台北市：著者發行，初版七刷，79年8月。
7. 林誠二，民法債編總論—體系化解說，台北市：瑞興，初版，89年9月。
8. 邱聰智，新訂民法債編通則，台北市：著者發行，新訂一版二刷，90年10月。
9. 孫森焱，民法債編總論，台北市：著者發行，修訂版，90年2月。
10. 陳聰富，侵權歸責原則與損害賠償，台北市：元照，初版，93年9月。
11. 曾世雄，非財產上之損害賠償，台北市：元照，初版四刷，94年11月。
12. 曾世雄（詹森林續著），損害賠償法原理，台北市：新學林，二版四刷，94年10月。
13. 曾隆興，詳解損害賠償法，台北市：三民，修訂初版二刷，93年4月。
(二) 中文書籍—民事訴訟法
1. 王甲乙、楊建華、鄭健才，民事訴訟法新論，台北市：著者發行，修訂版，94年10月。
2. 駱永家，民事訴訟法I，台北市：著者發行，修訂九版，88年3月。
3. 駱永家，民事舉證責任論，台北市：臺灣商務，初版十刷，92年4月。
(三) 中文書籍—專利法
1. 王承守、鄧穎懋，美國專利訴訟攻防策略應用，台北市：元照，初版一刷，93年11月。
2. 李文賢，專利法要論，台北市：翰蘆，初版，94年9月。
3. 范建得、陳丁章、江國慶、宋皇志、錢逸霖，面對專利戰爭的「新」思維，台北市：新學林，一版一刷，95年4月。
4. 徐宏昇，高科技專利法，台北市：翰蘆，初版，92年8月。
5. 陳哲宏、陳逸南、謝銘洋、徐宏昇，專利法解讀，台北市：元照，二版一刷，91年3月。
6. 陳智超，專利法—理論與實務，台北市：五南，二版一刷，93年4月。
7. 曾陳明汝，兩岸暨歐美專利法，台北市：新學林，修訂再版，93年2月。
8. 楊崇森，專利法理論與應用，台北市：三民，初版，92年7月。
9. 劉尚志、王敏銓、張宇樞、林明儀，美台專利訴訟—實戰暨裁判解析，台北市：元照，初版第一刷，94年4月。
10. 雷雅雯，侵害專利權之民事責任與救濟，司法研究年報第23輯第2篇，台北市：司法院，第一版，92年11月。
11. 蔡明誠，發明專利法研究，台北市：著者發行，三版一刷，89年3月。
12. 熊誦梅，法官辦理專利侵權民事訴訟手冊，司法研究年報第23輯第4篇，台北市：司法院，第一版，92年11月。
(四) 中文期刊文章（依作者姓氏筆畫排列，相同作者依時間先後）
1. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之一：危險社會、保護國家與損害賠償法，月旦法學雜誌，第117期，94年2月。
2. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之二：損害賠償法的體系、請求權基礎、歸責原則及發展趨勢，月旦法學雜誌，第119期，94年4月。
3. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之三：損害賠償法之目的：損害填補、損害預防、懲罰制裁，月旦法學雜誌，第123期，94年8月。
4. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之四：損害概念及損害分類，月旦法學雜誌，第124期，94年9月。
5. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之五：回復原狀與金錢賠償—損害賠償方法的基本架構，月旦法學雜誌，第127期，94年12月。
6. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之六：財產上損害賠償(一)—人身損害，月旦法學雜誌，第129期，95年2月。
7. 王澤鑑，損害賠償法專題研究系列之七：財產上損害賠償(二)—為新生命而負責：人之尊嚴與損害概念（Wrongful birth及Wrongful life），月旦法學雜誌，第131期，95年4月。
8. 汪渡村，專利侵權損害計算標準之研究—以所失利益為中心，銘傳大學法學論叢，第2期，93年6月。
9. 林尚諭，從美國永久禁制令之核發看我國法上專利侵權案件之民事救濟，萬國法律，第147期，95年6月。
10. 周金城、吳俊彥，論專利法之懲罰性賠償，月旦法學雜誌，第118期，94年3月。
11. 周漢威，專利侵權損害賠償—論「合理權利金」之增訂及法理依據，銘傳大學法學論叢，第5期，94年12月。
12. 吳景源，侵害智慧財產權損害賠償之研究，收錄於「司法研究年報」，第十二輯，上冊，台北市：司法週刊社，81年6月。
13. 徐宏昇，專利侵害民事訴訟之證據調查比較研究，工業財產權與標準，第54期，86年9月。
14. 陳智超，專利補助侵權於我國法制上之依據，智慧財產權，第12期，88年12月。
15. 許皋毓，論專利侵權處理，月旦法學雜誌，第101期，92年10月。
16. 黃銘傑，專利侵權損害賠償訴訟「故意、過失」之要否與損害額之計算方式—評最高法院九十三年度台上字第二二九二號判決，月旦法學雜誌，第128期，95年1月。
17. 馮震宇，論侵害專利權之民事責任與民事救濟，法學叢刊，第161期，85年1月。
18. 張宇樞，美國與我國關於侵害專利權損害賠償範圍之探討，科技法學評論，第2卷第1期，94年4月。
19. 詹森林，專利權受侵害時之排除侵害與損害賠償，月旦法學雜誌，第13期，85年5月。
20. 熊誦梅，專利侵權民事判決簡析，月旦法學雜誌，第105期，93年2月。
21. 蔡東廷，論我國侵害專利權之民事責任及專利權人應有之準備，智慧財產權，第48期，91年12月。
22. 鄭中人，論專利侵害救濟之責任要件，工業財產權與標準，第66期，87年9月。
23. 劉尚志、莊國祥，專利侵害鑑定與技術創新概念之探討，台大法學論叢，第26卷第3期，86年4月。
24. 謝銘洋，智慧財產權：第三講—智慧財產權之性質與特徵，月旦法學教室，第2期，91年12月。
25. 謝銘洋，智慧財產權：第四講—智慧財產權之重要國際規範，月旦法學教室，第3期，92年1月。
(五) 中文學位論文
1. 李育昇，論專利權之侵害與救濟，台北大學法律研究所碩士論文，90年6月。
2. 周漢威，論專利侵權損害賠償之範圍及計算—專利權人所失利益之界定，銘傳大學法律研究所碩士論文，94年5月。
3. 熊賢安，專利侵權之判斷，東海大學法律研究所碩士論文，92年6月。
4. 賴文智，智慧財產權與民法的互動—以專利授權契約為主，國立台灣大學法律學研究所碩士論文，89年6月。
5. 簡秀如，論專利侵權損害賠償範圍之確定，政治大學法律研究所碩士論文，91年7月。
二、外文文獻資料（依作者姓名字母排列）
1. BARRY L. GROSSMAN & GARY M. HOFFMAN, PATENT LITIGATION STRATEGIES HANDBOOK (2000).
2. DONALD S. CHISUM, CRAIG ALLEN NARD, HERBERT F. SCHWARTZ, PAULINE NEWMAN & F. SCOTT KIEFF, CASE AND MATERIALS: PRINCIPLES OF PATENT LAW (3d ed. 2004).
3. PAUL GOLDSTEIN, COPYRIGHT, PATENT, TRADMARK, AND RELATED STATE DOCTRINES: CASE AND MATERIALS ON THE LAW OF INTELLECTUAL PROPERTY (5th ed. 2004).
4. ROCHELLE C. DREYFUSS & ROBERTA R. KWALL, INTELLECTUAL PROPERTY: TRADMARK, COPYRIGHT AND PATENT LAW (2d ed. 2004).
5. ROGER E. SCHECHTER & JOHN R. THOMAS, PRINCIPLES OF PATENT LAW (2004).