研究生: |
葉子龍 |
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論文名稱: |
分析微陣列時間序列的方法比較 |
指導教授: | 謝文萍 |
口試委員: | |
學位類別: |
碩士 Master |
系所名稱: |
理學院 - 統計學研究所 Institute of Statistics |
論文出版年: | 2007 |
畢業學年度: | 95 |
語文別: | 中文 |
論文頁數: | 29 |
中文關鍵詞: | 微陣列 、時間序列 、Mixed model 、EDGE 、Multivariate Empirical Bayes |
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在微陣列實驗中,越來越多跟時間序列有關的資料,而分析方法也越來越多元化。每一種方法都有其特色。有的方法會考慮時間點間的關連性,有的則視為無關。因此,本篇論文主要是要比較Mixed model、EDGE和Multivariate Empirical Bayes這三種不同性質的方法,在基因顯著性的分析上的表現。我們會從模擬的數據評估每個方法的優點與缺點,並且實際分析一組人體試驗的資料,看看在發炎反應下,這三種方法提供的顯著基因之異同。
參考文獻
[1] Tusher, Tibshirani and Chu (2001), "Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response". PNAS 2001 98: 5116-5121
[2] J. Ernst, Z. Bar-Joseph.(2006), "STEM: a tool for the analysis of short time series gene expression data". BMC Bioinformatics, 7:191
[3] Chao. Cheng et al. (2006), "MARD: a new method to detect differential gene expression in treatment-control time courses". Bioinformatics, 22, 2650–2657.
[4] Storey,J.D. et al. (2005), "Significance analysis of time course microarray experiments". Proc. Natl Acad. Sci. USA, 102, 12837–12842.
[5] Tai,Y.C. and Speed,T.P. (2006), "A multivariate empirical bayes statistic for replicated microarray time course data". Ann. Stat., 34, 5.
[6] Littell RC, Pendergast J, Natarajan R. (2000), "Modelling covariance structure in the analysis of repeated measures data". Stat Med ,2000,19(13): 1793
[7] Calvano S.E. et al. A network-based analysis of systemic inflammation in humans. Nature. 2005;437:1032–1037.