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研究生： 何德賢
He,De-Sian
論文名稱： 生物鈉鈣離子交換通道之圖形研究
A Graphic Study of Biological Sodium Calcium Ion Exchange Channel
指導教授： 劉晉良
口試委員:
學位類別： 碩士
Master
系所名稱： 南大校區系所調整院務中心 - 應用數學系所
應用數學系所(English)
論文出版年： 2015
畢業學年度： 103
語文別： 中文
論文頁數： 39
中文關鍵詞： 鈉鈣離子交換通道 、分子動力模擬
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    • NCX_Mj通道是一種鈉-鈣交換機制，可以快速的將生物細胞內的鈣離子與外部環境交換。本篇論文利用VMD觀察NCX_Mj通道，並利用Matlab建構NCX_Mj通道。

    NCX Mj channel is a sodium-calcium exchanger, it can exchange calcium ions with the external environment of biological cells quickly. This thesis using VMD observes NCX_Mj channel and using Matlab construct NCX_Mj channel.

    1. 緒論 1 2. PDB介紹 1 3.NCX_Mj介紹 2 4.VMD介紹 3 4.1 讀取資料 4 4.2 VMD Main 4 4.3 Graphical Representations 4 4.4 Color Controls 5 4.5 原子移動 5 4.6 計算原子距離、角度 6 4.7 Tk Console 6 4.8 存取資料 7 5. NCX_Mj通道之建構 7 5.1 VMD部分 7 5.1.1 尋找NCX_Mj外通道出口位置 7 5.1.2 NCX_Mj通道切層觀察 11 5.1.3 Ca2+外通道切層 12 5.1.4 Na+外通道切層 14 5.2 MATLAB部分 16 5.2.1 3V5U.pdb檔原子資料匯入excel 16 5.2.2 Matlab繪製通道流程圖 19 5.2.3 Ca2+外通道繪製 21 5.2.4 Na+外通道繪製 24 5.2.5 繪製通道 26 6. 主要結果 29 附錄 30 程式碼1：繪製Ca2+外通道程式碼 30 程式碼2：繪製Na+外通道程式碼 33 程式碼3：繪製NCX_Mj通道程式碼 36 參考文獻 39

    1.W.-J. Yong, A computational study of ion conductance in the KCSA K+ channel using a Nernst-Planck model with explicit resident ions. J. Chem. Phys. 2009.131(21);215101.
    2.RCSB PDB,http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/index.html
    3.Wikipedia,http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=general_information/about_pdb/index.html
    4.H.-J. Hsieh, Potential profiles inside the X-shape channel of NCX_Mj. National Hsinchu University of Education. 2014.
    5.VMD,http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
    6.Wikipedia,http://en.wikipedia.org/wiki/Visual_Molecular_Dynamics
    7.Liao, J. et al., Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger. Science Signaling. 2012. 335(6069):686-690.
    8.Colgate Mineralogy,http://classes.colgate.edu/rapril/geol201/summaries/radius.htm

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