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研究生: 顏培峻
論文名稱: 以閘極效應控制DNA在氧化矽奈米孔的阻斷訊號
Gate effect on translocation of DNA through a SiO2 nanopore
指導教授: 周亞謙
口試委員:
學位類別: 博士
Doctor
系所名稱: 理學院 - 物理學系
Department of Physics
論文出版年: 2008
畢業學年度: 97
語文別: 中文
論文頁數: 91
中文關鍵詞: 奈米孔
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  • 摘 要
    本實驗的目的是利用閘極電壓來控制DNA通過奈米孔的阻斷訊號。本實驗首先製作含閘極的奈米孔結構,除了基本的奈米孔外,另外還包含閘極結構。實驗的目的希望以閘極電壓來降低DNA通過奈米孔時的速度, DNA本身是一帶電分子,因此在閘極電壓作用下應該會受到影響,因而使DNA通過奈米孔時的速度改變,因此本實驗首先設計並製作出含閘極結構的奈米孔,並且利用閘極效應來控制DNA通過奈米孔所產生的阻斷訊號週期。若能使DNA通過奈米孔的速度有效的降低,阻斷訊號周期就能明顯的增加,對於DNA長度的分辨將大幅提升解析度,甚至能找出DNA中的鹼基A、T、C、G所產生電流訊號的不同,進而達到定序的目的。
    晶片製作採用SOI晶圓,以光學微影、電子束微影、乾蝕刻、濕蝕刻、氧化、薄膜沉積等製程技術首先製作出含閘極結構的奈米孔晶片,並且將奈米孔直徑控制在10 nm以下,因此可得到明顯的阻斷訊號並且能以閘極電壓來控制阻斷訊號週期。在閘極電壓的影響之下除了DNA通過奈米孔的速度能有效被降低,通過時所阻斷的電流訊號也受到閘極電壓的影響,因此推測閘極電壓除了造成電位差改變,在閘極電壓的影響之下DNA本身移動路徑會改變,DNA表面所吸附的離子也會隨閘極電壓的增加而改變分布狀態。
    由閘極電壓的改變造成奈米孔至外加偏壓電極端的電位差改變,以及DNA移動路徑改變和表面吸附離子分佈改變,我們建立了DNA在閘極電壓影響下的運動模型,並加上流體力學和電磁學定性解釋了阻斷電流、阻斷時間改變的原因。


    目 錄 第一章 簡介…………………………………………………………….……………….1 1.1 DNA分子穿過奈米孔的研究.………………………………….….1 1.2 奈米孔量測DNA訊號的實例..……………..…………………….1 1.2.1 α- hemolysin nanopore ……………………………………………….…2 1.2.2 Nanopore on Si3N4 membrane ………………………………….…..8 1.2.3 Si-based nanopore .……………………………………….……….13 1.3 奈米孔能得到的DNA訊號 ..…..………………………19 1.4 本實驗的簡述………………………………………………………………..21 第二章 製作過程及量測方法 ……..……………..……23 2.1 奈米孔製作過程 …………………………………………...23 2.1.1使用的DNA規格 ………………………………………………23 2.1.2 奈米孔詳細製程步驟 …………………………………………..24 2.2 量測方式 …………………………………………………….35 2.2.1 所需用具的準備 ………………………………………………35 2.2.2 晶片檢測及量測環境的架設 …………………………………..36 2.2.3 注意事項 …………………………………………………40 第三章 量測結果 …………………………………..……………………41 3.1 奈米孔的電流及未加閘極的阻斷訊號 ……………..41 3.1.1 晶片檢測 ………………………………………………………..41 3.1.2 阻斷訊號 ………………………………………………………..43 3.2 閘極對阻斷訊號的影響 ………………………….……….45 3.2.1 阻斷時間、阻斷電流分佈 ……………………………………..50 3.2.2 阻斷時間分佈統計 ………………………………………55 3.2.3 阻斷電流分佈統計 ………………………………………………59 3.2.4 阻斷電流和阻斷時間之乘積的分佈統計 ………………………63 3.2.5 閘極電壓與阻斷時間、阻斷電流關係 ………………………..68 第四章 討論與分析 ………………………………………………….76 4.1 閘極與阻斷訊號的關係 ………………………………..76 4.1.1 阻斷時間和阻斷電流分佈說明………………………………..76 4.1.2 阻斷時間分佈統計說明 ……………………………………..76 4.1.3阻斷電流分佈統計說明 …………………………………….77 4.1.4 阻斷電流和阻斷時間之乘積的分佈統計說明……………….77 4.1.5 閘極電壓與阻斷時間、阻斷電流平均值關係 以及阻斷電流 阻斷時間平均值的關係圖說明 ………………………………78 4.2 閘極影響阻斷電流的定性分析 ………………….79 4.3 閘極影響阻斷時間的定性分析 ………………….82 4.4閘極電壓作用的影.……………………………………………………………..83 第五章 總結 ……………………………….…………………….85 參考資料 ……………………………….…………………….90 附錄

    References
    1. J. J. Kasianowicz, E. Brandin, D. Branton, and D. W. Deamer, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.93,13770(1996)
    2. Amit Meller, Lucas Nivon, and Daniel Branton, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97, 1079 (2000) .
    3. Amit Meller, Lucas Nivon, and Daniel Branton, Phys. Rev. Lett. 86 , 3435 (2001).
    4. Joseph D. Mougous, Marianne E. Cuff, Stefan Raunser, Aimee Shen, Min Zhou, Casey A. Gifford, Andrew L. Goodman, Grazyna Joachimiak, Claudia L. Ordoñez, Stephen Lory, Thomas Walz, Andrzej Joachimiak, and John J. Mekalanos , Science 312, 1526 (2006).
    5. Jiali Li, Derek Stein, Ciaran McMullan, Daniel Branton, Michael J. Aziz and Jene A. Golovchenko. Nature 412, 166 ( 2001).
    6. Peng Chen, Jiajun Gu, and Eric Brandin, Nano Lett. 4, 2293 (2004),
    7. Abraham Mara, Zuzanna Siwy, Christina Trautmann, Jackson Wan and Fredrik Kamme, Nano Lett. 4, 497 (2004).
    8. Hao Yan and Bingqian Xu, Small 2, 310(2006)
    9. Hung Chang, Samir Iqbal, E A. Stach, Alexander H. King, Nestor J. Zaluzec, and Rashid Bashir. Appl. Phys. Lett. 88, 103109 (2006);
    10. A. J. Storm, J. H. Chen, X. S. Ling, H. W. Zandbergen, and C. Dekker, Nature Mater 2, 537 (2003)
    11. A. J. Storm, J. H. Chen, H. W. Zandbergen, and C. Dekker . Phys. Rev. E 71, 051903 (2005)
    12. Arnold J. Storm, Cornelis Storm, Jianghua Chen, Henny Zandbergen, Jean-François Joanny, and Cees Dekker, Nano Lett. 5 ,1193( 2005).
    13. H. Chang, F. Kosari, G. Andreadakis, M. A. Alam, G. Vasmatzis, and R. Bashir, Nano Lett. 4, 1551( 2004).
    14. David K. Lubensky and David R. Nelson. Biophys J. 77, 1824 (1999)
    15. Gwo-Jen Hwang, Pei-Ren Jeng, Chenhsin Lien, C. S. Chen, Yung-Shiang Tsao, Hung-Shun Hwang, Sheng-Quan Xu, T. M. Hong, and Y. C. Chou, Appl. Phys. Lett. 89, 133120 (2006)
    16. N.N. Gribov, S.J.C.H. Theeuwen, J.Caro, and S. Radelaar, Microelectronic Engineering 35, 317(1997).
    17. Minhee Yun. Journal of the Korean Physical Society 37,605(2000).
    18. Sandip Ghosal. Phys. Rev. E 74, 041901 (2006)
    19. J.D.Jackson, `Classical Electrodynamics' second edition, John Wiley and Sons, New York , 1975.
    20. H. Daiguji, Peidong Yang, and Arun Majumdar, Nano Lett. 4, 137 (2004)
    21. Derek Stein, Maarten Kruithof, and Cees Dekker. Phys. Rev. Lett. 93, 035901 (2004)
    22. Sairam S. Mallajosyula and Swapan K. Pati. Phys. Rev. Lett. 98, 136601 (2007)
    23. Tsai, Chien-Ying, Chang, Tien-Li, Kuo, Long-Sheng, and Chen, Ping-Hei, Appl. Phys. Lett. 89,203902 (2006).
    24. S. M. Iqbal, G. Balasundaram, S. Ghosh, D. E. Bergstrom, and R. Bashir, Appl. Phys. Lett. 86, 153901 (2005)
    25. L. D. Landau and E. M. Lifshitz. Fluid mechanics, Pergamon Press, London, 1959.

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