研究生: |
謝宗震 |
---|---|
論文名稱: |
多群落生物多樣性的統計分析 Statistical Analysis of Beta BioDiversity for Multiple-Community |
指導教授: |
趙蓮菊
Chao, Anne |
口試委員: | |
學位類別: |
碩士 Master |
系所名稱: |
理學院 - 統計學研究所 Institute of Statistics |
論文出版年: | 2009 |
畢業學年度: | 97 |
語文別: | 中文 |
論文頁數: | 91 |
中文關鍵詞: | 生物多樣性 、多群落 、Beta多樣性 、異質性 |
相關次數: | 點閱:2 下載:0 |
分享至: |
查詢本校圖書館目錄 查詢臺灣博碩士論文知識加值系統 勘誤回報 |
本篇論文欲探討方向可以分成兩個部分,首先回顧 Jost (2008) 針對一般常用的基因多樣性指標 GST (Wright, 1943 and 1951) 的修正為 D 指標(Jost, 2008) 的作法,並討論 Jost (2008) 引用 Nei & Chesser (1983) 與 Chao et al. (2008) 的估計方法
的差異性與關聯性,與其修正估計量。而本文主要的研究方向是將多樣性指標 D 推廣成 DqN 指標族,給予 DqN 指標族與生物多樣性之間一個充要條件的證明,該證明指出,在適當的條件下,只要考慮有限個 DqN 指標,便有充分的訊息來表達生物多樣性。對於 DqN 指標的估計,則是將韓若平(2008) 與 Chao et al. (2008) 的估計想法當做引子,依續修正估計量方法的想法,再提出一般化的 D1N_htc 與 DqN_adj 估計量,並利用電腦模擬試驗的方式,得到 D1N_htc 與 DqN_adj 估計量在小樣本的情況下,不論在偏誤或均方根誤差的表現上,都優於之前的估計方法。在實例分析中,取用線上資料庫 ALFRED (http://alfred.med.yale.edu ) 所提供的人體
在某些基因座上的等位基因相對頻率的資料,並採用這些資料以應用本篇論文所討論的多樣性指標族 DqN 來比較不同的人種間,在不同染色體或不同基因座上的多樣性或差異性。
Chao, A. (1984). "Nonparametric estimation of the number of classes in a population."
Scandinavian Journal of Statistics: 265-270.
Chao A, Jost L, Chiang SC, Jiang YH, Chazdon R. (2008). "A Two-Stage Probabilistic
Approach to Multiple-Community Similarity Indices." Biometrics 64(4): 1178-1186.
Chao, A. and T. Shen (2003). "Nonparametric estimation of Shannon’s index of diversity
when there are unseen species in sample." Environmental and Ecological Statistics 10(4):
429-443.
Good, I. (1953). "The population frequencies of species and the estimation of population
parameters." Biometrika 40(3-4): 237-264.
Hill, M. (1973). "Diversity and evenness: a unifying notation and its consequences."
Ecology: 427-432.
Jost, L. (2006). "Entropy and diversity." Oikos 113(2): 363.
Jost, L. (2007). "Partitioning diversity into independent alpha and beta components."
Ecology 88(10): 2427-39.
Jost, L. (2008). "GST and its relatives do not measure differentiation". Molecular Ecology
17, 4015-4026.
Lande, R. (1996). "Statistics and partitioning of species diversity, and similarity among
multiple communities." Oikos: 5-13.
Li, H., N. Tang, et al. (2008). "Polymorphisms in the C-type lectin genes cluster in
chromosome 19 and predisposition to severe acute respiratory syndrome coronavirus
(SARS-CoV) infection." Journal of medical genetics 45(11): 752.
Nei M, Chesser R (1983) "Estimation of fixation indices and gene diversities." Annals of
Human Genetics, 47, 253–259.
MacArthur, R. (1965). "Patterns of species diversity." Biological Reviews 40(4): 510-533.
Morisita, M. (1961). "Measuring of interspecific association and similarity between
communities." Japanese Journal of Ecology 11(6): 252.
Rényi , A. (1961). "On measures of entropy and information." Proceedings of the 4th
Berkeley Symposium on Mathematics, Statistics and Probability 1: 547–561.
Rosenberg, N., J. Pritchard, et al. (2002). "Genetic structure of human populations." Science
298(5602): 2381.
Shannon, C. (2001). "A mathematical theory of communication." ACM SIGMOBILE
Mobile Computing and Communications Review 5(1): 3-55.
Simpson, E. (1949). "Measurement of diversity." Nature 163(4148): 688.
Whittaker, R. (1972). "Evolution and measurement of species diversity." Taxon: 213-251.
Whittaker, R. (1960). "Vegetation of the Siskiyou mountains, Oregon and California."
Ecological Monographs 30(4): 407-407.
Wilson, M. and A. Shmida (1984). "Measuring beta diversity with presence-absence data."
The Journal of Ecology: 1055-1064.
Wright, S. (1943). "Isolation by distance." Genetics 28(2): 114-138.
Wright, S. (1951). "The genetical structure of populations." Annals of Euaenics 15:
323-354.
韓若平 (2008),“Beta 多樣性的統計估計”,清華大學統計所博士論文。
蘇郁如 (2005),“生物多樣性相似指標之分析”,清華大學統計所碩士論文。
“生物多樣性公約”,取自:http://wildmic.npust.edu.tw/sasala/biolodivesty.htm
“每 20 分鐘一物種消失 全球爆發絕種危機”,取自:
http://www.chinareviewnews.com/doc/1005/7/0/7/100570759.html
“生物多樣性公約大會 瞄準 2010 年生物多樣性目標”,取自:
http://e-info.org.tw/node/6643
"The ALlele FREquency Database" from the World Wide Web: http://alfred.med.yale.edu