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研究生: 彭慶翔
Ching-Shiang Peng
論文名稱: IKK到核內NFκB訊息傳遞系統的動態行為分析
Analysis of dynamic behavior of IKK to NFκB signaling
指導教授: 汪上曉
David Shan-Hill Wong
口試委員:
學位類別: 碩士
Master
系所名稱: 工學院 - 化學工程學系
Department of Chemical Engineering
論文出版年: 2008
畢業學年度: 96
語文別: 中文
論文頁數: 52
中文關鍵詞: 系統生物學蛋白質複合物訊息傳遞路徑發炎反應核心反應
外文關鍵詞: IKK, NFκB, The nuclear factor, core network, systems biology
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  • 本論文以MATLAB的SIMBIOLOGY TOOLS,以文獻上的數據及資料,建構出模擬IKK 到 NFκBn的訊號傳遞路徑模型,用動力學的角度,去觀察模型間的差異,分析其中訊息傳遞路徑的改變及影響。再用敏感度分析的方法,找出上述複雜模型的主要核心反應;分析的結果發現 IKK 到NF□Bn的主要訊號傳遞途徑為IkBαNFκB和IKK結合變成IKKIkBαNFκB,然後IKKIkBαNFκB再分解成IKK和NFκB。若加入p100之後,p100就會參與核心網絡,並部分消耗IKK。


    摘要 I 目錄 II 圖目錄 IV 表目錄 II 第一章、緒論 1 一.1 系統生物學簡介 1 一.2 NF□B與發炎反應 簡介 3 一.3 研究動機、目的及章節安排 4 第二章、文獻回顧 5 二.1 I□B–NF□B訊號模型:時間控制及選擇性基因活化 5 二.2 IKK刺激的時間控制對基因表現的影響 10 二.3 藉由I□Bε提供之負回饋來控制NF□B濃度的震盪 14 二.4 NF□B訊息模組裡的第四個I□B蛋白質 19 第三章、分析方法 25 三.1 分析原理 25 三.2 模擬工具及建立模組 26 三.3 參數敏感度計算 31 第四章、結果與討論 33 四.1 強化敏感度分析 34 四.2 抑制敏感度分析 38 四.3 綜合強化敏感度及抑制敏感度分析 41 四.4 三個模型對於各反應的強韌性分析 47 第五章、結論 50 第六章、參考文獻 52

    [1] H. Kitano (ed), Foundations of Systems Biology, MIT Press, 2001
    [2] G. Bock and J.A. Goode (eds), In Silico" Simulation of Biological Processes, Novartis foundation symposium Press, 2003
    [3] M. Vidal and E. E. M. Furlong(2004). Nature Reviews Genetics 5, 10
    [4] E. Klipp, R. Herwig, A. Kowald, C. Wierling, and H. Lehrach, Systems Biology in Practice, Wiley-VCH Press, 2005
    [5] E. Werner(2005)."The Future and Limits of Systems Biology", Science 278, p.pe16
    [6] H. Kitano(2002),"Systems biology: a brief overview". Science 295, 1662-1664.
    [7] S.L. Werner, D. Barken, A. Hoffmann(2005). "Stimulus Specificity of Gene Expression Programs Determined by Temporal Control of IKK Activity. " Science 309, 1857-1861
    [8] A. Hoffmann, A. Levchenko, M. L. Scott, D. Baltimore(2002). "The I□B - NF□B Signaling Module: Temporal Control and Selective Gene Activation." Science 298, 1241-1245
    [9] R. Quiambao, T. H. Kim, D. Barken, E. O'Dea, S. L. Werner, A. Hoffmann(2005). "NF-κB regulates IκB halflife and degradation mechanism. " in preparation.
    [10] J. D. Kearns, S. Basak, S. L. Werner, C. S. Huang, A. Hoffmann(2006). "IκBε provides negative feedback to control NF-κB oscillations, signaling dynamics, and inflammatory gene expression." JCB 173 , 659–664
    [11] S. Basak, H. Kim, J. D. Kearns, V. Tergaonkar, E. O’Dea, S. L. Werner, C. A. Benedict, C. F. Ware, G. Ghosh, I. M. Verma, and A. Hoffmann(2007). "A Fourth I□B Protein within the NF-kB Signaling Module." Cell 128 , 369–381
    [12] E. Dejardin, N. M. Droin, M. Delhase, E. Haas, Y. Cao, C. Makris, Z. W. Li, M. Karin, C. F. Ware, and D. R. Green(2002). "The lymphotoxinbeta receptor induces different patterns of gene expression via two NF-kappaB pathways. " Immunity 17, 525–535.
    [13] J. R. Muller, and U. Siebenlist(2003). "Lymphotoxin beta receptor induces sequential activation of distinct NF-kappa B factors via separate signaling pathways. " J. Biol. Chem. 278, 12006–12012.
    [14] H. Yue, M. Brown, J. Knowles, H. Wang, D. S. Broomhead and D. B. Kell(2006). " Insights into the behaviour of systems biology models from dynamic sensitivity and identifiability analysis: a case study of an NF-kB signaling pathway." Mol. BioSyst. 2, 640–649

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