簡易檢索 / 詳目顯示

研究生: 陳曉怡
Chen,Emily
論文名稱: 根據基因功能分類看角質細胞受紫外線刺激後基因群之表現
Pattern Recognition of Gene Expression Profile in Function Group
指導教授: 許文郁
口試委員:
學位類別: 碩士
Master
系所名稱: 理學院 - 統計學研究所
Institute of Statistics
論文出版年: 2008
畢業學年度: 97
語文別: 中文
論文頁數: 48
中文關鍵詞: 基因功能分類角質細胞紫外線
外文關鍵詞: Gene Ontology
相關次數: 點閱:3下載:0
分享至:
查詢本校圖書館目錄 查詢臺灣博碩士論文知識加值系統 勘誤回報
  • 系統生物學為一們綜合許多不同領域的新興科學,而生物晶片在80年代以後,一直不斷的推陳出新,愈加精密,幫助了許多DNA的研究員,讓我們更加了解生命的奧妙,如何由簡單的核甘酸製造出蛋白質,組成了生命體。
    本文以系統生物學的概念,引入傳統的生物晶片分析,將基因依照功能路徑分群之後,再回頭看哪一功能的基因群受到了外在環境的刺激,引發了反應,進而調控了DNA的表現。


    目錄 摘要 i 致謝 ii 表目錄 vi 圖目錄 vii 第一章 緒論 1 1.1 研究背景 1 1.1.1 系統生物學 1 1.1.2 微陣列 1 1.2 研究動機 3 第二章 工具 4 2.1 群集分析 4 2.1.1 距離與相近度 4 2.1.2 階層式群集分析法 8 2.2 Gene Ontology (GO) 11 2.2.1 Ontology 12 2.2.2 Terms 13 2.3 Ancestors 14 2.4 實驗數據 15 2.4.1 實驗設計 15 2.4.2 統計模型 17 3.1 數據處理 21 3.2 GO Annotations 21 3.2.1 GO Term 21 3.2.2 Ancestors 22 3.3 基因分群與結果 24 3.4 模擬 30 第四章 討論 31 Reference 32 附錄一 34 Functional group 1:跟細胞代謝有關(主要為小分子胺基酸) 34 Functional group 2:跟細胞代謝有關(主要為大分子蛋白質) 35 Functional group 3:跟神經系統特別是光刺激有關 36 Functional group 4:跟組織的形成及再生有關 37 Functional group 5:跟細胞間訊號傳遞有關 38 Functional group 6:跟細胞週期特別是細胞凋亡有關 39 Functional group 7:跟外界刺激和免疫反應有關 40 Functional group 8:跟細胞內外物質傳輸以及恆定的維持有關 41 Functional group 9:跟物質傳輸有關 42 Functional group 10:跟核酸代謝及基因表現有關 43 附錄二 44

    1. Institute for Systems Biology(ISB), http://www.systemsbiology.org/
    2. Katherine Bourzac(2008), Biology's Next Breakthroughs -Biotech pioneer Leroy Hood explains how systems biology will impact medicine, Technology Review.
    3. David B. Allison, Xiangqin Cui, Grier P. Page, Mahyar Sabripour, (2006). Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus. NATURE REVIEWS GENETICS, 7(1), 55-65.
    4. Shalon D, Smith SJ, Brown PO (1996). A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization. Genome Res 6: 639–645.
    5. Tang T, François N, Glatigny A, Agier N, Mucchielli MH, Aggerbeck L, Delacroix H (2007). Expression ratio evaluation in two-colour microarray experiments is significantly improved by correcting image misalignment. Bioinformatics 23: 2686–2691.
    6. Nuwaysir EF, Huang W, Albert TJ, Singh J, Nuwaysir K, Pitas A, Richmond T, Gorski T, Berg JP, Ballin J, McCormick M, Norton J, Pollock T, Sumwalt T, Butcher L, Porter D, Molla M, Hall C, Blattner F, Sussman MR, Wallace RL, Cerrina F, Green RD. (2002). Gene expression analysis using oligonucleotide arrays produced by maskless photolithography. Genome Res 12: 1749–1755.
    7. Gavin MacBeath , Stuart L. Schreiber (2000). Printing Proteins as Microarrays for High-Throughput Function Determination. Science 289 (5485), 1760–1763.
    8. Theodore Wilbur Anderson (2003). An Introduction to Multivariate Statistical Analysis. Wiley-Interscience.
    9. Richard A. Johnson, DeanW. Wichern (2007). Applied multivariate statistical analysis. Pearson Prentice Hall.
    10. the Gene Ontology, http://www.geneontology.org/
    11. Michael Ashburner, Catherine A. Ball, Judith A. Blake, David Botstein, Heather Butler, J. Michael Cherry, Allan P. Davis, Kara Dolinski, Selina S. Dwight, Janan T. Eppig, Midori A. Harris, David P. Hill, Laurie Issel-Tarver, Andrew Kasarskis, Suzanna Lewis, John C. Matese, Joel E. Richardson, Martin Ringwald, Gerald M. Rubin, Gavin Sherlock(2000) Gene Ontology: tool for the unification of biology. Nature Genetics 25, 25 – 29.

    無法下載圖示 全文公開日期 本全文未授權公開 (校內網路)
    全文公開日期 本全文未授權公開 (校外網路)

    QR CODE