元代的地方獄政，主要承襲於金、宋兩代，略加變革而定制。當時，負責統籌、執行獄政庶務的官署為司獄司。元代的司獄司，職司管理牢獄。元代的牢獄，性質類似今日之拘留室或看守所，負責看守官衙審理獄訟期間，犯殺人、強盜等罪的疑犯，或兩家爭訟的原告、被告、證人等暫時羈押；有時，判決刑名後，會充當重刑犯決刑前的監禁所。
元制，牢獄須提供獄囚基本的醫療與照護，如衣服、糧食、棉被等，並規定獄吏要定期灑掃、清潔牢獄四周。然而，元代的獄訟程序中，受限於初審的時限短暫，覆審繁雜且耗時，常使獄囚久禁牢獄，無法開釋，形成滯獄。其中，若獄訟牽涉不同戶計、民族，需要約會，則會拖延更久。即使獄訟已決，緩執刑罰，讓獄囚久禁牢獄的情況，時有所聞。此外，常有官吏以拷掠獄囚，或拖延審理獄訟等方式，要脅獄囚，以金錢換取開釋。
因為獄訟拖延、牢獄淹滯、獄吏虐囚的情況，時有所聞，元廷遂頒行各項錄囚、詔赦措施，期望降低上述情況的發生。元代先後施行過憲司、五府官、奉使宣撫與跨邑決獄等錄囚措施，以及不定期的大赦、別赦與曲赦。此外，元代沿襲前朝的傳統，對於能達到訟息獄空的官員，經由上司察證屬實，稟明朝廷後，得以銓敘陞遷。實際上，官員自身能否視獄空為己任，公正果決的審訊，才是消除冤、疑、滯獄的關鍵。
其實，元代的獄政，除部份規定，融入蒙古舊俗，各地官府的判決、牢獄的監禁，必須禮遇蒙古、色目人、特殊戶計者外，主要的精神，大致延續漢地傳統。另外，元代當時，對於任何因案獲罪者，罪止於個人，並無罪及株連數族的觀念，這與明、清兩代的刑罰比較下，突顯元代刑罰的尚寬。

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