智慧財產法院已於九十七年七月一日正式掛牌運作，目前審理之相關規定主要係以「智慧財產法院組織法」與「智慧財產案件審理法」為審理依據。由於我國專利制度係採公、私法二元制度，專利權之有無係由行政機關即經濟部智慧財產局審理，專利權有無遭受侵害則由一般民事法院審理。因此，以往專利侵害案件之爭訟，被告均會對原告之專利權產品向經濟部智慧財產局提起撤銷，此時，一般民事法院皆會先停止訴訟程序，而等待智慧財產局之審查，再續行審理，因而造成訴訟之延宕。
是以，智慧財產法院開始運作之後，依智慧財產案件審理法之規定，法官得對專利有效性自行做判斷，無須再等待行政機關之審查，而讓訴訟程序暫時停止，如此即能避免專利侵害訴訟案件之延宕。此外，智慧財產法院對專利侵害訴訟案件之審理，引進技術審查官制度來協助法官對於專業技術有爭議時，能夠適度提供意見，以提高法官對專利爭訟案判決之品質及專業化。
然而，雖然智慧財產法院引進技術審查官制度來協助法官，惟技術審查官之地位為何？技術審查官陳述之意件理由是否即能取代鑑定單位之鑑定報告？技術審查官陳述之意見得否抗告？以及技術審查官涉及利益衝突時，有無如法官應迴避之規定？又，對於法官自為判斷專利有效性之爭議時，應如何審理？以及有效性之判斷與行政機關之審理出現歧異，則會造成如何？另，關於秘密保持命令之聲請，聲請人對於保密的期間要多久？前揭所述皆是目前智慧財產法院審理常發生之問題。
準此，本文即在探討目前智慧財產法院對於審理專利侵權訴訟案與舊制度由一般民事法院審理程序之差異，並對上揭所述之相關問題進行研究及討論，以祈望智慧財產法院將來對專利爭訟案件能夠更專業化，以及法官之判決理由能夠更具信服力。

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